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2008-12-20 Sat 05:37
本日もまた徹夜です。この一週間、朝４時前に寝てないんですけれど！
昨日〆切のレポートはなんとか間に合わせ、G術会の東浩紀も参戦。何とか首はつながった… 「動物化するポストモダン」を読んでます。まあ、コメントはもう少し読んでいってから。 正月明けに担当の箇所のプレゼンです。 で、月曜〆切のレポート×４です。これさえ終われば一息付けます。 本日の徹夜仕事は「世界のT村」先生のレポート。 MEGA4という、DNA塩基配列のアライメント（後述）を自動でやってくれる上に系統樹まで作ってくれるという偉大なソフトを開発した「世界のT村」先生です。 いや、すごいよ。実際MEGA4を使ってみて、冗談ばっか言ってるただのオッさんじゃなかったと認識を改めました。 以下、さすがに疲れてるので説明は簡略にします。 Ｔ村先生の専門実習では、自分の髪の毛根の細胞からミトコンドリアDNAを抽出して某領域の塩基配列を解読しました。 といっても簡単なんだね、人間て偉大だわ。 塩基含量を機械が勝手に読み取ってくれて、そこから勝手に配列を全部出してくれるからね。 図１（重いかもしれないので注意）  抽出したＤＮＡサンプルからこんな感じに塩基含量を読み取ってくれます。僕は何もしてません。 で、これからACGTの文字に並べるとこんな感じ↓ ついでに他の人たちの塩基配列も並べてます。 図２  ＤＮＡ塩基配列なんて一口に言っても膨大な量があるからね、 他の個体と比較するにしても同じ領域がわからなきゃいけない訳だが、どこが同じ領域なのか探すのは大変な訳ですよ それを自動で並べてくれるソフトをＴ村先生は作っちゃったのですよ。（この整列させることをアライメントという） で、アライメントをＭＥＧＡ4にやってもらうとこうなる↓ チンパンジーとかボノボも入れてます。 図３  きれいですねえすごいですねえ。よっ、世界のＴ村！ で、ここから系統樹を作ってみましょう。 系統樹を考えるというのは、とってもとっっっても大変な作業なのです。 塩基配列の１字1字全てが等価の情報って訳じゃない、ひとつだけ塩基が異なっても同じアミノ酸をコードすることがあるからね。 加えて、塩基の挿入や欠失なんやらで1個ズレたとしたら、下流の塩基配列が持つ情報が全部変わってしまうからね、アレ、そんなことないんだっけ？ でもまあたった1個の変異で大変なことになってしまうわけです。 整列させて比較するとしたら、たとえ全く同じ塩基配列をもつ個体を比較しても、たった1個のズレで全ての塩基配列が合わなくなって全くベツモノと判断されちゃったりしかねない そういうのを加味してアライメントをして、きれいに比較できるようにするのです あれ、なんだっけ、ぐだぐだだな そう、系統樹を作る。どんな変異は些細でどんな変異を重要視し別の系統にするか それを考えるのは大変な訳です、とっても勉強が必要です。最尤法、最節約法、ベイズなんたらとか、色々方法があります。あー勉強たるいね、困ったね、 で、「世界のＴ村」先生ですよ！ 勉強してなくても勝手にＭＥＧＡ4がやってくれます。 で、こんな系統樹を作りました↓ 図４  すごいねーＭＥＧＡ。よっ、世界のＴ村！ しかも、さらにすごいのは この他の人・類人猿たちのDNA情報データベースに簡単にアクセスできて好きなのを検索できる すげぇ量のデータがあるしな、 上の系統樹はわかりやすくちょっとだけしか他の個体を入れていないが、本当はもっとたくさんの個体のDNAデータを使ってレポートにしてます （画像挿入完了。 何故こんなところでMEGAの宣伝？をしているんだろう、と我に返らなくもなかった まあ、眠かったんだね、何日連続徹夜だ…？） 夜の御供。 マクロスＦのシェリルソングです。 射手座☆午後九時 Don't be late ！ トライアングラーも好きです。 僕は昔からいきなり聞いた歌を好きだと思うことはあまりなく ゲームミュージックやらゲーム中の歌やらアニメの歌やらを好むが それは歌の底にある状況を知っているから、なんだろうね デカルトがなぜ「我思う故に我在り」と言ったか、 単にその言葉だけじゃ別になんでもねぇ、その底にあるデカルトの置かれていた思想的状況を知ることでその言葉への理解は深まる そんなノリで、歌にも歌い手がどういう背景を持ってこんなことを歌っているのか、知っていないとなかなか好きになれない、 単に抽象的なこと言われただけじゃ、わからないもの。（勿論、直感的にシンパシーを感じたり素敵な言葉だと思ったりすることはいっぱいある アニメやらゲームやらは、その作品のストーリーをバックボーンに持って音楽があるから、まあわかりやすいというか好きになることが容易というか。 ちなみに僕はシェリルが好きです。 僕を御存知の方はランカちゃんの方が好みだと思われるだろうが、シェリルです。 理由はひとつ、シェリルの歌が好きだから。 ランカちゃんはかわいいけれど、新人アイドルみたいな軽い歌い方（ごめんなさい）であんまり好きじゃなかったりする。 シェリルの、確かなテクニックと自信を持った歌い方が聞いていると、とても励まされます。 トライアングラー（真綾さんのと、シェリル＆ランカver）と射手座☆午後九時とダイアモンドクレバスとシェリルのアイモをエンドレスリピートですよ ところで、 こうしてる間にもカイコが繭をせっせと建設中です。あっという間に大きくなったなあ それとは別の話で、おとといカイコを実験材料に使いました。 サンドペーパーで擦ったり、擦った上に大腸菌を塗ったり、大腸菌を注射したり、体液を出すために足を切ったり…… カイコは免疫機構にメラニンを使っているようで、↑こういうことをすると黒くなります。 で、昨日こういう処理をしたカイコを今日見てみたら……見るも無惨な、カイコの群れ。。 実行犯に僕もいますけどね。率先してやりましたけどね。 下弦の月ですねー もう少しで羊の瞳だ。猫の瞳孔を横にした眼。 羊瞳の月。近頃月も星も夜空も昼間の月も夕暮れもとても美しい。 僕だったら、 水瓶座★午前４時 Never too early！ かな！流星散らしてdate！ そだ、もうひとつ徹夜の御供だったのは みなもと太郎の「風雲児たち」です 歴史ギャグマンガ。 いや、最初はつまらなかったが、秀作です。まだ四巻だけれどおもしろくなってきた。 日本にもダヴィンチのような万能人、なんでもやっちゃう人がいたのね 日本を放浪して勉強し人と話し興味を持ったらなんでもやっていく。 なんでも、勉学でも科学でも細分化されてしまった現代からするととっっても羨ましいんだよね、そういうスタイル。 じゃあやればいいだろ、って言われてもさ、現実、こっの膨大すぎる科学的知識を自分で全て獲得発掘していくのは非現実的ですよ いや、そんだけたくさんの知識が生まれていてとてもいいことなんだけどね あああやっべ６時になるって明日歯医者だからねはいはいもう寝ましょう！ 超ぐだぐだだなこれ！ ムルゴロウと呼ばれてしまったよ 実験中カイコと戯れていたら。 確かに生物飼いまくり。 ・イヌ ・ネコ ・クサガメ ・トウキョウダルマガエル ・（ただの）カマキリ ・カイコ×２匹 ・コオロギ（餌） ・コスズメ×２匹（蛹） ・クロアゲハ（越冬蛹） ・ナミアゲハ（越冬蛹） 種名を列挙するとすごい感じだが蛹は別になにもしなくていいからね カエルは越冬させます。冬眠させない。 電気あんかを水槽の下に敷いているのだが、暖かいからか最近とっても元気。 もりもり食うし跳ねまくる。 カマキリもよく食うんだよなーカエルとカマキリへの給仕量はほぼ一緒だな カイコは人工飼料をあげてます。大豆と桑の葉とビタミン剤で作られている。 カメには鯉の餌です。 この方がいいらしいよ。かの偉大なI川良輔先生の言です。（先生の言うことならなんでも従うのか！権威主義者め！ だめだ、もうむりねむいねる |
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